Szybkość reakcji zależy nie tylko od stężenia enzymu i substratu, lecz także od temperatury (optimum działania enzymu zwykle mieści się w granicach 30 40C), stężenia jonów wodorowych (optymalne pH reakcji jest różne dla różnych enzymów, np. dla pepsyny wynosi 1, dla arginazy 10) oraz od obecności enzymatycznych aktywatorów i enzymatycznych inhibitorów. Pomiar szybkości reakcji, czyli ilości przekształconego substratu lub wytworzonego produktu w jednostce czasu, jest podstawą oznaczania enzymatycznej aktywności. Międzynarodowa jednostka enzymu (U) jest to taka ilość enzymu, która katalizuje przekształcenie 1 mikromola substratu w ciągu 1 min w temp. 30C przy nasyceniu enzymu substratem i przy optymalnym pH dla jego aktywności.